Agent Countercheck ověřuje tvrzení programovacího agenta samostatným spuštěním kontrol. Pravidla a chráněné testy čte ze základní revize před změnou, aby je agent nemohl nenápadně oslabit. Upravený kód kopíruje do čistého pracovního adresáře a případné změny chráněných souborů nahrazuje původní verzí. Výsledek ukládá do záznamu obsahujícího tvrzení, skutečně provedené kontroly, výstupy a verdikt.
Záznam používá kontrolní hash pro rozpoznání pozdějších úprav. Popis projektu zahrnuje izolované spouštění na macOS s omezením sítě a zápisů; nelze z něj odvozovat totožnou ochranu na všech platformách. Smyslem není automaticky prohlásit libovolný projekt za bezpečný, ale oddělit pracovníka od hodnotitele a doložit, co testy skutečně ověřily. Jejich kvalita dál závisí na autorovi projektu.