Google DeepMind otevřel repozitář AlphaProtein Novo, generativní difuzní pipeline pro de novo návrh enzymů pomocí structural motif scaffolding. Dokumentace popisuje model, který společně generuje proteinové struktury a sekvence podmíněné katalytickým motivem a kontextem ligandu. End-to-end tok kombinuje generátor s volitelným LigandMPNN redesignem sekvence, predikcí struktury přes AlphaFold 3 a vyhodnocením metrik. Autoři upozorňují, že pretrained váhy nejsou přímo v balíčku a stahují se z Google Cloud Storage podle zvláštních podmínek použití. Zveřejnění kódu proto neznamená neomezené použití všech součástí; zájemci musí zvlášť posoudit podmínky dostupných modelových vah. Pro uživatele je podstatné také oddělení prostředí: JAX část je hlavní, PyTorch část pro LigandMPNN jen volitelná.

Radyz

Radyz publikuje komentáře a praktické texty o AI nástrojích, ChatGPT, Claude a dění kolem OpenAI a Anthropicu. Na webu se soustředí na srozumitelný výklad, vlastní zkušenost a důraz na to, co je pro čtenáře skutečně užitečné.